È un vero e proprio portale Web per l’identificazione di ceppi batterici quello realizzato da un gruppo internazionale di ricercatori coordinato da Brian G. Spratt dell’Imperial College di Londra (Gb). Il sito (eEMLSA.net), presentato su BMC Biology, è stato realizzato in collaborazione con l’Istituto Europeo di Bioinformatica di Cambridge (Gb) e con il Dipartimento di Microbiologia Medica dell’Università di Aarhus (Danimarca) (qui il link all’articolo).
La tassonomia si occupa dell’identificazione e della classificazione, su basi genetiche e morfologiche, degli organismi viventi. Il riconoscimento dei batteri (microrganismi unicellulari causa di molte patologie) e la loro assegnazione a specie nuove o a quelle già esistenti, richiede procedure farraginose, ancora non universalmente condivise. Per questo i ricercatori hanno deciso di realizzare una piattaforma online, accessibile a tutti gli addetti ai lavori, dove archiviare informazioni su specie di batteri note e inserire dati per riconoscere ceppi sconosciuti.
Il sistema sfrutta una tecnica di analisi sequenziale del Dna (chiamata Msla) e utilizza, come punto di partenza, le sequenze di sette geni strutturali (cioè di quei geni che forniscono le istruzioni per “costruire” la cellula) di specie di batteri note. “Abbiamo iniziato con l’inserire nel database le sequenze dei geni ottenute da 420 ceppi batterici della specie Streptococcus viridans”, spiega il coordinatore Brian Spratt, “e successivamente abbiamo testato la capacità del sito di identificare correttamente i batteri inserendo informazioni su ceppi già noti, della stessa specie”.
In pratica, i ricercatori potranno inserire le caratteristiche del ceppo batterico che vogliono riconoscere ed avranno, in tempo reale, una risposta. Il programma potrà “etichettare” il ceppo come specie già nota oppure potrà suggerire l’inserimento in una nuova specie. “Per la determinazione di nuove specie, però, sarà necessaria una valutazione da parte di esperti del settore” precisa Cynthia Bishop, primo autore dell’articolo: “Ora auspichiamo che i microbiologi di tutto il mondo inseriscano i dati dei propri ceppi batterici in modo da rendere il database veramente completo e pienamente utilizzabile”. (i.n.)
